注册人发现他人侵犯自己的商标专用权后，应及时寻求法律保护。按照我国商标法律的规定，负责保护商标专用权的部门为工商行政管理机关和司法机关，这就是人们所说的商标保护的双轨制。所以，当发现侵权行为时，被侵权人可以向人民法院起诉，也可以向工商行政管理机关请求处理。但是，当事人不得就同一案件同时请求司法机关和行政机关处理，而只能选择一个处理机关。

究竟选择何种保护途径要根据案件的特点和当事人希望达到的目的来决定。一般来说，工商行政管理机关处理商标侵权案件的特点是：行动迅速、程序简便、结案所需时间较短。但行政机关对于侵权赔偿只有调解的权力，如果当事人不服，还需要请求法院解决。人民法院审理案件的特点是：程序严密、注重民事赔偿。因此，如果希望尽快处理案件，制止侵权的扩大，可以选择行政机关处理；如果因侵权所受的损失较大，希望获得有效的赔偿，则以向法院起诉为好。

向工商行政管理机关请求处理的，应当向侵权人所在地或者侵权行为地的县级以上工商行政管理机关提出。请求应以书面的形式提出。请求书需要写明请求的事由、请求的法律依据。请求人的名称、地址、侵权人的名称地址以及侵权行为地等。在提交请求书时，当事人应出具其权利证明文件，同时附送被控方侵权的证据材料。

根据《商标法》和《商标法实施条例》的规定，工商行政管理机关经过调查，认为所投诉的行为构成侵犯商标专用权行为的，可以作出处理：1、责令立即停止侵权行为；2、没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具；3、收缴并销毁侵权商标标识；收缴直接专门用于侵犯商标权的模具、印版和其他作案工具；4、处以罚款。