行政许可的期限制度是为了保证行政机关实施行政许可活动的高效，而对行政许可的实施程序整体及各个环节提出的时间上的限制。期限制度要发挥作用，有关行政许可期限的设计必须明确、合理、高效。即期限必须明确，期限的规定必须合理，有关期限的规定要体现高效的原则。

在《行政许可法》中对办理行政许可作出了一般性的规定，其次还有关期限的延长和扣除问题。

一是，初审时间是否计入最终作出行政许可的实施机关的期限内，分两种情况。一是，依法未经初审部门同意，申请人的申请就不能向上级行政机关报送的，初审构成一项独立的行政许可，初审时间适用《行政许可法》第四十二条有关期限的规定。二是，无论初审部门是否同意，初审部门依法都有义务将初步审查意见和申请人的全部申请材料报送上级行政机关，申请人无需重新提出申请，初审时间适用《行政许可法》第四十三条有关期限的规定。

二是，在实施行政许可过程中，会签其他部门属于行政机关之间的内部工作程序。对申请人来说，行政许可的期限仍然适用行政许可法有关期限的规定。按照《国务院关于克服官僚主义进一步转变工作作风提高办事效率有关问题的通报》（国发[1999]9号）的要求，各部门之间征求意见或者会签文件时，协办部门必须在7个工作日内予以答复，否则视为失职。

三是，行政机关作出行政许可决定，如果依法需要进行咨询评估、评审的，根据《行政许可法》第四十五条的规定，咨询评估、评审所需时间可以不计算在《行政许可法》第四章第三节规定的期限内，但行政机关应当将所需时间书面告知申请人。

四是，根据《行政许可法》，无论行政许可是单独提出申请，还是打捆提出申请，行政机关实施行政许可的期限都适用行政许可有关期限的规定。对于集中批复、分批批复，《行政许可法》正式施行后，行政机关实施行政许可应当严格执行行政许可法有关期限的规定。

五是，对于变更行政许可事项的审查期限，《行政许可法》第四十九条对此未作明确规定。对行政机关审查被许可人变更行政许可申请的期限，单行法律、法规有规定的，按照单行法律、法规的规定办理；单行法律、法规没有规定的，适用行政机关对初次行政许可申请审查期限的规定。