根据《审计法》、《审计法实施条例》、《国家审计基本准则》等的规定，环境行政审计程序大致分为以下四个阶段：

一是准备审计阶段。这一阶段的主要工作内容是：

(1)根据审计项目计划确定的审计事项组成审计组，并指定审计组组长。审计组实行组长负责制。

(2)由审计组编制审计方案。审计方案的内容包括编制审计方案的依据；被审计单位的名称和基本情况；审计的范围、内容、目标、重点、实施步骤和预定时间；审计组组长、审计组成员名单及其分工；编制审计方案的日期。审计方案经审计组所在部门领导或者审计机关主管领导批准后，由审计组负责实施。

(3)送达审计通知书。审计机关应当在实施审计3日前，向被审计单位送达。审计通知书的内容包括被审计单位名称；审计的依据、范围、内容、方式和时间；审计组组长和其他成员名单；对被审计单位配合审计工作的具体要求；审计机关公章及签发日期。审计机关认为需要被审计单位自查的，应当在审计通知书中写明自查的内容、要求和期限。

二是实施审计阶段。实施阶段是具体开展审计活动的阶段，它是整个审计监督工作过程中的一个关键阶段。这一阶段的主要任务是做好查证核实工作。审计人员依照确定的审计方案，通过审查被审计单位银行帐户、会计凭证、会计帐簿、会计报表，查阅与审计事项有关的文件、资料，检查现金、实物、有价证券，向有关单位和个人调查等方式进行审计，并取得证明材料。审计人员向有关单位和个人进行调查时，应当出示审计人员的工作证件和审计通知书副本。审计中如有特殊需要，可以指派或者聘请专门机构或者有专门知识的人员，对审计事项中某些专门问题进行鉴定。审计人员实施审计时，应当对审计工作进行记录，编制审计工作底稿。审计工作底稿的主要内容包括被审计单位的名称；审计项目的名称以及实施的时间；审计过程记录；编制者的姓名及编制日期；复核者(一般为审计组组长)的姓名及复核日期；索引号及页次；其他应说明的事项。

三是提出报告阶段。审计组实施审计活动终结，应当向审计机关提出审计报告刚。审计报告应当在实施审计终了后15日内提出，特殊情况下，经批准，提出审计报告的时间可以适当延长。审计组向审计机关提交审计报告前，应当征求被审计单位对审计报告的意见。被审计单位自收到审计报告之目起10日内，提出书面意见。如果在规定期限内没有提出书面意见的，视同无异议。被审计单位对审计报告有异议的，审计组应当进一步核实、研究。如有必要，应当修改审计报告。审计组应当将审计报告、被审计单位对审计报告的书面意见及审计组的书面说明，一并报送审计机关。审计机关应当建立健全审计报告的复核制度，由复核机构或复核人员对审计报告的合法性、合理性、准确性等进行复核。审计报告经复核后，由审计机关最后进行审定。一般审计事项的审计报告，可以由审计机关主管领导审定；重大审计事项的审计报告，应当由审计机关业务会议审定。

四是作出处理阶段。这是审计程序的最后阶段。这一阶段的主要任务是在前一个阶段的基础上，审计机关依据审定的审计报告对审计事项作出评价，出具审计意见书，对违反国家规定的财政收支、财务收支行为以及违反《审计法》和其他行政审计方面的规范性法律文件的行为给予处理、处罚。审计机关审定审计报告后，应当根据不同情况，分别作出以下处理：对审计事项作出评价，出具审计见书。被审计单位如有违反国家规定的财政收支、财务收支行为，且情节显著轻微的，可以在审计意见书中予以指明并令其纠正；对有违反国家规定的财政收支、财务收支行为需要依法给予处理、处罚的，除应当对审计事项作出评价，出具审计意见书外，还应当对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，在法定职权范围内作出处理、处罚的审计决定。审计机关应当自收到审计报告之日起30日内，将审计意见书和审计诀定书送达被审计单位和有关单位。审计决定书自送达之日起生效。被审计单位如果不服审计决定，可以依法申请复议，我国立法对不服审计具体行政行为的救济程序的规定采用了复议前置原则，即被审计的单位或个人如果不服审计机关针对自己所作的具体行政行为，必须先提出行政复议申请，不得直接提起行政诉讼。只有在不服复议决定，且争议的具体行政行为属于人民法院行政诉讼受案范围的情况下，被审计的单位或个人才能依法提起行政诉讼。根据《审计法实施条例》第46条规定，对地方审计机关作出的审计决定不服的应先向上一级审计机关或者本级人民政府申请复议；对审计署作出的审计决定不服的，应当先向审计署申请复议。审计机关应当自收到复议申请书之日起2个月内作出复议决定。遇有特殊情况的，作出复议诀定的期限可以适当延长；但是，延长的期限最长不得超过2个月，并应当将延长的期限和理由及时通知复议申请人。