根据《人民检察院刑事赔偿工作暂行规定》(1997年11月18日颁布实施)规定，人民检察院在办理刑事赔偿案件中确认违法的程序规则是：

1、视为违法确认的情形。在这种情况下，受害人无须单独提出确认申请，确认程序也无单独进行的必要。

有下列法律文书或证明材料的，应视为请求赔偿的被侵权事项已依法确认：

(1)人民检察院撤销拘留决定书、撤销逮捕决定书、撤销案件决定书、不起诉决定书、复查纠正决定书等法律文书，或者公安机关撤销案件予以释放的证明书、人民法院宣告无罪已经发生法律效力的判决、裁定书等法律文书；

(2)对检察机关工作人员在行使职权中刑讯逼供或者以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为以及违法使用武器、警械造成公民身体伤害、死亡，作出处理决定的文书；

(3)对采取查封、扣押、冻结、追缴财产等措施认定为违法的文书。

2、确认申请的受理。人民检察院按照内部的业务分工，由有关业务部门受理确认申请，提出侵权事实是否存在的意见，移送刑事赔偿工作办公室。经刑事赔偿工作办公室审查并报检察委员会决定后，制作《刑事确认书》，送达赔偿请求人。

3、申诉。赔偿请求人对被要求的人民检察院不予确认的，有权向其上一级人民检察院提出申诉。对不予确认的申诉，上一级人民检察院可以自行复查，也可以责成下级人民检察院复查。对不予确认的申诉，经复查认定侵权事实存在的，予以确认；侵权事实不存在的，驳回申诉。

请求赔偿的被侵权事项经依法确认后，负有赔偿义务的人民检察院应当依照国家赔偿法和有关规定及时进行处理。