一、侦查羁押期限重新计算的程序

公安机关在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行，需要重新计算侦查期限的案件，由公安机关决定，不需报经人民检察院批准。司法实践中，重新计算侦查羁押期限的，应由公安机关办案部门自发现之日起5日内制作《呈请批准重新计算羁押期限报告书》，报县级以上公安机关负责人批准后重新计算侦查羁押期限。但同时还应当制作《重新计算羁押期限通知书》，通知看守所，并报原批准逮捕的人民检察院备案。
       对于人民检察院在侦查期间发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照《人民检察院刑事诉讼规则》第221条之规定重新计算侦查期限。在司法实践中，人民检察院重新计算侦查羁押期限的，应由侦查部门提出重新计算侦查羁押期限的意见移送本院审查逮捕部门审查。审查逮捕部门审查后应当提出是否同意重新计算侦查羁押期限的意见，报检察长决定。
对公安机关重新计算侦查期限的备案，由审查逮捕部门审查。审查逮捕部门认为公安机关重新计算侦查期限不当的，应当提出纠正意见，报检察长决定后，通知公安机关纠正。

二、侦查羁押期限重新计算的条件

我国《刑事诉讼法》第128条第1款规定，对于在侦查期间发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，经侦查机关负责人批准后可以对犯罪嫌疑人重新计算羁押期限。重新计算侦查羁押期限，必须符合在侦查期间发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的条件：
首先，发现重要罪行的时间必须是在侦查期间发现的，否则不适用重新计算羁押期限的规定。
其次，发现的必须是犯罪嫌疑人另有重要罪行。“另有重要罪行”，是指同正在侦查的罪行相比，其罪行的严重程度相当或者更为严重的罪行。重要罪行是指犯罪行为性质比较严重，影响比较恶劣，可能被判处较重刑罚的。发现既包括侦查人员运用各种侦查手段破获的案件，也包括犯罪嫌疑人主动交待的罪行。能够重新计算犯罪嫌疑人羁押期限的案件，必须是发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的案件，而不是发现犯罪嫌疑人另有一般罪行的案件。新发现的罪行既可以和侦查机关正在侦查的案件属于同一类案件，也可以不属于同一类的案件。
       再次，新发现的重要罪行必须是正在受到侦查的犯罪嫌疑人实施的。否则，除共同犯罪的情况外，不得适用重新计算羁押期限规定。
       对于在侦查期间发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照《刑事诉讼法》第124条的规定重新计算侦查羁押期限。即以前进行的侦查期限归于无效，而应自发现另有重要罪行之日起，重新计算侦查羁押期限，此期限仍可适用《刑事诉讼法》第126条、第127条的有关规定。

三、重刑案件侦查羁押期限的再度延长

我国《刑事诉讼法》第127条规定重刑案件侦查羁押期限的再度延长，实际上是对《刑事诉讼法》第126条的特定案件侦查期限的补充，是赋予省级人民检察院再次批准或者决定延长羁押期限的权力。
       在司法实践中适用本规定时，必须把握以下两点：一是适用对象仅限于对犯罪嫌疑人可能判处10年有期徒刑以上刑罚的案件。可能判处10年有期徒刑以上刑罚，是指根据已有证据证明的犯罪嫌疑人的主要罪行，依照刑法的规定，对犯罪嫌疑人可能判处10年有期徒刑以上刑罚。此处的“可能判处十年有期徒刑以上的刑罚”是指在诉讼程序上的判断，而非实体法上的判决，具体的判断，应以犯罪嫌疑人触犯的罪名、犯罪情节的轻重等为根据。二是适用条件必须是具备《刑事诉讼法》第126条规定的延长期限届满，仍不能侦查终结的。由于第126条有关延长期限的规定是在第124条的基础上作出的，因此，此类重刑案件，对于这种犯罪嫌疑人再延长2个月羁押期限后，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限最长将达到7个月。
对于符合再度延长侦查羁押期限的案件，办案部门应当制作《呈请提请批准延长羁押期限报告书》报县级以上公安机关负责人批准后，制作《提请批准延长羁押期限意见书》，在期限届满7日前送请同级人民检察院层报表省、自治区、直辖市人民检察院批准后，对犯罪嫌疑人再延长羁押期限2个月。